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用科技與歷史對話 浪潮智算助力溯源人類文明

2021/7/30 8:59:46 來源:中國企業(yè)新聞網(wǎng)

導(dǎo)言:“我們是誰?我們從哪里來?”認(rèn)識歷史,離不開考古學(xué)。

  近年來,我國考古取得了豐碩的成果。如,中國科學(xué)院古脊椎動物與古人類研究所付巧妹團(tuán)隊關(guān)于古基因組揭示近萬年來中國人群的演化與遷徙歷史的研究成果,填補了東方尤其是中國地區(qū)史前人類遺傳、演化、適應(yīng)的重要信息缺環(huán);三星堆6座文化“祭祀坑”考古新發(fā)現(xiàn)是中華文明多元一體發(fā)展模式的重要實物例證,充分體現(xiàn)了古蜀文明、長江文化對中華文明的重要貢獻(xiàn)! 

浪潮助力吉大古DNA實驗室解鎖藏在DNA里的秘密

  浪潮助力吉大古DNA實驗室解鎖藏在DNA里的秘密

  考古為我們揭示了中華文明起源,重現(xiàn)中華文明的燦爛成就,展示中華文明對世界文明的重大貢獻(xiàn),增強了民族自信。時值中國考古學(xué)誕生100周年,我們溯源歷史的腳步從未停止,探尋答案的途徑卻更加多樣。隨著科學(xué)技術(shù)的發(fā)展,考古學(xué)研究不斷深入,科技在考古研究中占比大幅提升。浪潮攜手吉林大學(xué)古DNA實驗室,將智算應(yīng)用到DNA考古中,解鎖古生物的生命奧秘,重現(xiàn)古老文明演變的軌跡,溯源人類文明。

  科技賦能考古 溯源更多未知的文明

  將基因分析應(yīng)用于考古學(xué)研究中,已經(jīng)成為國際考古研究中的前沿領(lǐng)域和熱點方向 -- 分子考古學(xué)。古DNA是分子考古學(xué)的核心,眾所周知,遺傳信息保存在DNA中,DNA考古就是利用現(xiàn)代分子生物學(xué)的手段提取和分析保存在遺骸中的DNA,同時依靠考古學(xué)以及其他學(xué)科交叉研究,研究古代生物種群特征及相互關(guān)系,這一方法,彌補了傳統(tǒng)考古無法觸達(dá)的精準(zhǔn),使得考古成果更精準(zhǔn)、更科學(xué)以及更客觀。  

  1984年,科學(xué)家從早已滅絕的南非斑驢樣本中,找到了微量的DNA并進(jìn)行了測序,古DNA研究就此誕生;1997年對尼安德特人的研究,證實了古DNA存在的可靠性;2012年,科學(xué)家通過對西伯利亞一個洞穴內(nèi)發(fā)現(xiàn)的牙齒和指骨化石提取的DNA進(jìn)行分析,證明了丹尼索瓦人的存在,被《科學(xué)》雜志評為2012年度十大科學(xué)突破之一;2020年,中國科學(xué)家從甘肅夏河縣白石崖溶洞(上圖)的土壤沉積物中提取出丹尼索瓦人的線粒體DNA,表明了丹尼索瓦人自倒數(shù)第二次冰期至末次冰期都生活在青藏高原。

  吉林大學(xué)于1998年建立國內(nèi)首個考古DNA實驗室,并利用考古學(xué)、人類學(xué)以及語言學(xué)等的跨學(xué)科交叉,為我國北方地區(qū)和新疆地區(qū)的古人類DNA、古動植物DNA研究和古文明的溯源,做出了巨大的貢獻(xiàn)。2019年,吉大古DNA實驗室成功實現(xiàn)了世界首例古小麥全基因組的破譯,為理解東西方文化交流及農(nóng)業(yè)傳播,提供了跨時間維度的直接證據(jù);2020年6月1日,吉林大學(xué)古DNA研究成果還原了新石器時代農(nóng)業(yè)革命以來,中國北方地區(qū)的人群互動,為探討中華文明的起源、形成和發(fā)展提供了重要證據(jù)。

  強大算力助力 解鎖藏在DNA里的秘密

  古DNA的提取并不是一件容易的事情。古DNA由于年代久遠(yuǎn)、水解、氧化、微生物降解等原因很難完整保留下來,不僅可提取到的量很少,與現(xiàn)代DNA相比更短,科研人員需要對珍貴的古DNA進(jìn)行更大規(guī)模的測序,以獲得更多的有效數(shù)據(jù),測序帶來的海量DNA數(shù)據(jù)對計算力、計算效率都提出了很高的要求。

  古DNA的研究中,研究人員先對骨骼樣本進(jìn)行采集,用專業(yè)工具獲得骨骼粉末;采用特有的試劑盒對粉末進(jìn)行DNA提取;隨后對提取液中的古DNA進(jìn)行文庫的構(gòu)建并測序。通過測序儀測得DNA片段的序列信息后,首先比對(Mapping)至所研究物種的參考基因組(References),然后利用群體遺傳學(xué)分析工具、系統(tǒng)發(fā)育軟件等對序列信息進(jìn)行分析,并與現(xiàn)代或者其他古代人群、動物等遺傳信息進(jìn)行比對,從而追溯個體或群體的來源、遷移以及融合過程等。

  無論是比對(Mapping)、群體遺傳學(xué)分析、還是系統(tǒng)發(fā)育分析,這些研究數(shù)據(jù)的處理都對背后的算力提出了要求。過去,科研人員通常使用臺式機和普通的服務(wù)器進(jìn)行一系列數(shù)據(jù)分析,單次能分析的序列數(shù)量非常有限;隨著二代高通量測序技術(shù)平臺的開發(fā)應(yīng)用對小片段古DNA分子捕獲能力的增強,科研人員實驗所得的DNA序列大幅提升,帶來了巨大的DNA數(shù)據(jù)處理需求,臺式機和普通的服務(wù)器已經(jīng)遠(yuǎn)遠(yuǎn)無法滿足需求。

  吉大考古學(xué)院與浪潮合作,創(chuàng)新性地開發(fā)了基于浪潮智算的基因測序加速應(yīng)用方案,最大限度地提高了測序精準(zhǔn)性、提升了古DNA使用效率,可以在9.64小時內(nèi)完成全基因組分析,48分鐘完成全外顯子組分析,相比基于CPU的方案,基因數(shù)據(jù)處理速度提升39倍,加速了古DNA研究成果的誕生。

  用科技的力量實現(xiàn)與歷史的對話,浪潮正在持續(xù)不斷地通過技術(shù)的力量推動人類文明發(fā)展和溯源、追問未知答案、追求人與地球的和諧共生,將智算力注入宇宙探索、文明研究、生態(tài)環(huán)境、物種保護(hù)、交通出行等各個領(lǐng)域,為不斷變化的世界匹配持續(xù)迭代的科技來詮釋和支持,讓“計算之美”無處不在。

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[責(zé)任編輯:姚小冰]
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