美容健康

研究人員開發(fā)出一種新型結(jié)核病基因組組裝工具

2023/2/13 22:40:41 來源：科技部生物中心評論：(0)

導(dǎo)言：結(jié)核�。═B）是一種傳染性疾病，也是全球范圍內(nèi)導(dǎo)致死亡的主要原因之一。結(jié)核分枝桿菌（MTB）是導(dǎo)致TB的細(xì)菌，據(jù)估計，2021年全球新發(fā)TB患者1060萬人，并造成160萬人死亡。近期，來自羅格斯大學(xué)與芝加哥大學(xué)等單位的研究團(tuán)隊(duì)，開發(fā)出一種新的基因組組裝工具（Bact-Builder），并對MTB全球標(biāo)準(zhǔn)菌株H37Rv的參考基因組進(jìn)行了全面更新。

　　結(jié)核�。═B）是一種傳染性疾病，也是全球范圍內(nèi)導(dǎo)致死亡的主要原因之一。結(jié)核分枝桿菌（MTB）是導(dǎo)致TB的細(xì)菌，據(jù)估計，2021年全球新發(fā)TB患者1060萬人，并造成160萬人死亡。近期，來自羅格斯大學(xué)與芝加哥大學(xué)等單位的研究團(tuán)隊(duì)，開發(fā)出一種新的基因組組裝工具（Bact-Builder），并對MTB全球標(biāo)準(zhǔn)菌株H37Rv的參考基因組進(jìn)行了全面更新。研究成果發(fā)表在《Nature Communications》期刊，標(biāo)題為“A comprehensive update to the Mycobacterium tuberculosis H37Rv reference genome”。

　　人員將常見的開源基因組組裝程序進(jìn)行組合，從而開發(fā)出一個新穎且易于使用的工具Bact-Builder，其可在GitHub上免費(fèi)獲得。在本研究中，研究人員首先以實(shí)驗(yàn)室中的3個H37Rv獨(dú)立培養(yǎng)物（H37Rv.1-3）為研究對象，利用牛津MinION納米孔測序儀和Illumina NovaSeq 6000平臺進(jìn)行全基因組測序，再使用Bact-Builder進(jìn)行組裝。研究結(jié)果表明，H37Rv.1-3在大小和全基因組序列上是相同的，無單核苷酸多態(tài)性（SNP）；與參考基因組相比，多出約6.4 kb，編碼10個新區(qū)域，并存在109個SNP和35個插入缺失。進(jìn)一步的驗(yàn)證研究也表明，所有10個區(qū)域以及少量的額外多態(tài)性也存在于常用的H37Rv菌株NR123，TMC102和H37Rv1998中，說明參考基因組與H37Rv分離株的真正完整基因組序列之間存在很大差異區(qū)域。

　　總之，Bact-Builder可能是開發(fā)全面和準(zhǔn)確的基因組的寶貴工具，有助于我們更好地了解TB的發(fā)病機(jī)制，并為最終消除這種古老的疾病奠定基礎(chǔ)。

　　論文鏈接：

　　https://www.nature.com/articles/s41467-022-34853-x

　　注：此研究成果摘自《Nature Communications》期刊原文章，文章內(nèi)容不代表本網(wǎng)站觀點(diǎn)和立場，僅供參考。

免責(zé)聲明：

※ 以上所展示的信息來自媒體轉(zhuǎn)載或由企業(yè)自行提供，其原創(chuàng)性以及文中陳述文字和內(nèi)容未經(jīng)本網(wǎng)站證實(shí)，對本文以及其中全部或者部分內(nèi)容、文字的真實(shí)性、完整性、及時性本網(wǎng)站不作任何保證或承諾，請讀者僅作參考，并請自行核實(shí)相關(guān)內(nèi)容。如果以上內(nèi)容侵犯您的版權(quán)或者非授權(quán)發(fā)布和其它問題需要同本網(wǎng)聯(lián)系的，請?jiān)?0日內(nèi)進(jìn)行。
※ 有關(guān)作品版權(quán)事宜請聯(lián)系中國企業(yè)新聞網(wǎng)：020-34333079 郵箱：cenn_gd@126.com 我們將在24小時內(nèi)審核并處理。

分享到：

[責(zé)任編輯：喬姍]