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科學(xué)家利用深度學(xué)習(xí)模型探究藥物與多組學(xué)數(shù)據(jù)間的關(guān)聯(lián)

2023/2/28 16:24:05 來源:科技部生物中心

導(dǎo)言:近期,丹麥哥本哈根大學(xué)研究團隊開發(fā)了一個基于深度學(xué)習(xí)的框架,即MOVE(multi-omics variational autoencoders),并且將其應(yīng)用于789名剛被診斷患有2型糖尿病患者的多組學(xué)表型數(shù)據(jù),旨在探究藥物與組學(xué)表型之間的關(guān)系。

  患有糖尿病等基礎(chǔ)疾病患者的藥物反應(yīng)模式是相對復(fù)雜的,可能涉及多個器官和因素,而大部分影響機制仍然是未知的。近年來,表型和多組學(xué)篩查可用于揭示疾病特征,并為研究藥物在疾病進展中發(fā)揮的作用機制提供了新的手段。然而,多組學(xué)數(shù)據(jù)分析面臨著數(shù)據(jù)降維、數(shù)據(jù)異質(zhì)性與整合困難等多方面挑戰(zhàn)。

  近期,丹麥哥本哈根大學(xué)研究團隊開發(fā)了一個基于深度學(xué)習(xí)的框架,即MOVE(multi-omics variational autoencoders),并且將其應(yīng)用于789名剛被診斷患有2型糖尿病患者的多組學(xué)表型數(shù)據(jù),旨在探究藥物與組學(xué)表型之間的關(guān)系。該團隊開展了一系列試驗,使用MOVE探究20多種常見的糖尿病用藥的藥物組學(xué)關(guān)聯(lián)特征。研究結(jié)果顯示,二甲雙胍與2型糖尿病的12個臨床標(biāo)志物均有顯著關(guān)聯(lián),且與7個蛋白顯著相關(guān)。此外,還發(fā)現(xiàn)二甲雙胍和奧美拉唑與微生物組之間有顯著關(guān)聯(lián)。研究團隊指出,可以基于此類關(guān)聯(lián)來量化藥物相似性,發(fā)現(xiàn)新的潛在生物標(biāo)志物,可能協(xié)助疾病診斷或增加治療有效性。相關(guān)研究結(jié)果于2023年1月2日以“Discovery of drug–omics associations in type 2 diabetes with generative deep-learning models”為題發(fā)表在《Nature Biotechnology》雜志上。

  注:此研究成果摘自《Nature Biotechnology》,文章內(nèi)容不代表本網(wǎng)站觀點和立場。

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